基本简介

　　aminoXpress集成了生物化学家每天执行的常见功能。除了传统的序列输入协议之外，该程序还提供了一种新的通过构建模块和相应计数输入序列的协议。这为程序处理非常复杂、分支、循环和冗长的序列提供了可能性。该程序还通过其用户可定义的片段数据库将其适用范围扩展到普通有机化学。

功能介绍

　　1.氨基酸分析:该模块计算氨基酸分析结果的最佳残基比。通过将水解过程中容易氧化的残留物输入“未优化残留物”部分，可以将对优化结果的影响降至最低。

　　2.复合构建模块组成:该模块基于构建模块(氨基酸、片段)拥有离散的重量值这一事实来识别意外产品的身份。扫描它们的组合后，偏差最小的更有可能是衍生产品。

　　3.消化模式:该模块通过用户定义的酶或化学模式预测消化产物。

　　元素分析:该模块计算序列中不同元素的理论百分比。通过进一步输入每个元素的实验百分比组成，可以识别其经验公式和/或其聚集体。

　　4.碎片化:该模块预测质谱中通过三种类型的键断裂产生的碎片:一氧化碳/一氧化碳、一氧化碳/碳氢化合物和碳氢化合物/碳氢化合物。生成的碎片可以直接导入到质量模块中，用于模拟质量分布模式。

　　5.螺旋轮/网:这个模块显示和操作螺旋结构的顺序轮/网显示。

　　6.同位素分布图:这个模块预测输入公式或序列的同位素分布图，以1到3的电荷变化的或模式

　　7.Lib组合库:本模块预测组合库(如肽库)的质谱，以1-3电荷的或模式进行。直到最后一步才进行质量舍入，以确保准确性。此外，该模块将其预测能力扩展到有机文库:随机变体可以是氨基酸、片段或两者兼有。结果还包括随机的截面残余组合

　　8.主题发现:该模块通过模式识别预测序列中潜在的药物活性位点。它有助于扫描预设模式或随机重复模式、潜在的药效团，以及展示相同生物活性的加载序列。

　　9.分子量:这个模块计算肽和蛋白质的分子量。输入可以通过常规的序列方案进行，也可以通过构建模块如氨基酸和片段进行。替代方案使模块能够计算复杂分子的分子量，例如具有保护基团的肽、肽模拟物、长分子和分支分子等。原子量的进一步使用通常扩展了模块计算任何化合物分子量的能力。

　　辅助描述

　　10.数据库数据库管理:这个辅助模块允许用户管理在这个程序中使用的所有数据库，如氨基酸数据库，片段附加数据库...等等。开放式设计允许用户根据他们的特定项目定制数据库。

　　11.序列序列加载器:这个辅助模块允许用户将序列加载并解析到相应模块的入口部分。专家系统自动识别诸如侧链、环状结构、假替换和附加加合物的属性。